• Cocconeis Ehrenberg, 1837
• Cocconeis acutata Rabenhorst, 1864
• Cocconeis adeliae E.E. Manguin
• Cocconeis adjuncta A.W.F. Schmidt
• Cocconeis adriatica Kützing
• Cocconeis aemula A.W.F. Schmidt
• Cocconeis aggregata Kützing
• Cocconeis ahlefeldii C. Janisch
• Cocconeis algida Cleve-Euler, 1953
• Cocconeis aliena A.W.F. Schmidt
• Cocconeis allmanniana (W. Gregory) Grunow
• Cocconeis ambigua
• Cocconeis americana Ehrenberg
• Cocconeis amphiceros Ehrenberg, 1840 accepted as Rhaphoneis amphiceros (Ehrenberg) Ehrenberg, 1844
• Cocconeis amydrofilum R.Z. Riznyk
• Cocconeis amygdalina Grunow, 1880
• Cocconeis andesitica Pantocsek
• Cocconeis angusta Ehrenberg
• Cocconeis ankobraensis N. Foged
• Cocconeis antarctica (Van Heurck) J. Frenguelli & H.A. Orlando, 1958
• Cocconeis antarctica N.E. Brown, 1920
• Cocconeis antiqua J.A. Tempère & J.-J. Brun, 1889
• Cocconeis apiculata (Greville) A.F.W. Schmidt in Schmidt et al., 1895
• Cocconeis archeri O'Meara
• Cocconeis arcta A.W.F. Schmidt
• Cocconeis arctica Cleve
• Cocconeis arenicola R.Z. Riznyk
• Cocconeis armata Greville
• Cocconeis arraniensis Greville
• Cocconeis atmosphaerica Ehrenberg
• Cocconeis atomus (Kützing) G.L. Rabenhorst, 1863 accepted as Mayamaea atomus (Kützing) H. Lange-Bertalot, 1997
• Cocconeis australis Petit
• Cocconeis baikalensis (Skvortzov & C.I. Meyer) B.V. Skvortzov
• Cocconeis balatonis Pantocsek
• Cocconeis baltica J. Schumann
• Cocconeis barbadensis Greville
• Cocconeis bardawilensis A. Ehrlich
• Cocconeis belawani (F. Meister) Mills
• Cocconeis belawani (F. Meister) R.W. Kolbe
• Cocconeis beltmeyeri C. Janisch
• Cocconeis benrathi F. Steinecke
• Cocconeis bifida K.E. Eichwald
• Cocconeis biflexa A. Schmidt, 1874
• Cocconeis biharensis Pantocsek
• Cocconeis bilicis F. Meister
• Cocconeis binotata Grunow, 1863 accepted as Mastogloia binotata (Grunow) Cleve, 1895
• Cocconeis biradiata J.-J. Brun
• Cocconeis blandicula A.W.F. Schmidt
• Cocconeis bonnieri Héribaud-Joseph
• Cocconeis borealis Ehrenberg
• Cocconeis boryana Pantocsek
• Cocconeis bramaputrae Ehrenberg
• Cocconeis brasiliensis Ehrenberg
• Cocconeis brevicostata Hustedt
• Cocconeis britannica Naegeli ex Kützing, 1849
• Cocconeis brittanica Grunow
• Cocconeis brundisiaca Rabenhorst
• Cocconeis brundusiaca G.L. Rabenhorst
• Cocconeis calcar (Cleve) Cleve-Euler, 1953 accepted as Achnanthes calcar Cleve, 1891
• Cocconeis calderoni F. Azpeitia Moros
• Cocconeis californica Grunow, 1880
• Cocconeis callosa F. Meister
• Cocconeis campechiana Cleve
• Cocconeis campechiana Grunow
• Cocconeis canaliculata A. Jurilj
• Cocconeis capensis (Cholnoky) Witkowski
• Cocconeis capitata G.L. Rabenhorst
• Cocconeis caribensis O.E. Romero & J.N. Navarro
• Cocconeis carminata B.J. Cholnoky
• Cocconeis cataractarum Hustedt
• Cocconeis ceticola E.W. Nelson
• Cocconeis charcotii M. Peragallo
• Cocconeis cholnokyana Cleve-Euler
• Cocconeis cincta A.W.F. Schmidt
• Cocconeis cingulata F. Hustedt
• Cocconeis circulifera A. Mann
• Cocconeis circumcincta A.W.F. Schmidt
• Cocconeis citrina A.W.F. Schmidt
• Cocconeis citrina V. Zanon
• Cocconeis citronella A. Mann accepted as Achnanthes citronella (A. Mann) Hustedt in Schmidt et al., 1937
• Cocconeis clandestina A. Schmidt, 1894
• Cocconeis clavigera O'Meara
• Cocconeis clypeus Ehrenberg, 1838 accepted as Campylodiscus clypeus (Ehrenberg) Ehrenberg ex Kützing, 1844
• Cocconeis coarctata A.W.F. Schmidt
• Cocconeis coelata G. Arnott Walker ex Greville
• Cocconeis comis A.W.F. Schmidt
• Cocconeis communis P.A.C. Heiberg
• Cocconeis composita A.W.F. Schmidt
• Cocconeis concentrica Ehrenberg
• Cocconeis confusa J.R. Carter, 1981
• Cocconeis consociata Kützing
• Cocconeis conspicua A.W.F. Schmidt
• Cocconeis contermina A.W.F. Schmidt
• Cocconeis contrerasi G.D. Hanna & W.M. Grant
• Cocconeis convexa M.H. Giffen, 1967
• Cocconeis cornuta C. Janisch
• Cocconeis coronata Riaux-Gobin & Romero, 2010 accepted as Cocconeis coronatoides Riaux-Gobin & Romero, 2011
• Cocconeis coronata T. Brightwell, 1859
• Cocconeis coronatoides Riaux-Gobin & Romero, 2011
• Cocconeis costata Gregory, 1855